La reforma de Athisa

Esta época oscura termina a mediados del siglo IX con la llegada de Dipankara Atisha invitado por el rey Lha Lama Yeshe Wo.

Es la llamada segunda transmisión del budismo, este renacimiento trajo el aumento de la construcción de monasterios, y la conclusión de las traducciones de la totalidad de textos canónicos budistas al tibetano, divididos en dos grupos de textos, el Kangyur (las enseñanzas de Buda) y el Tangyur (comentarios de otros maestros).

En el siglo XI surgen otras dos escuelas de budismo, la Sakya, formada por familias de clases dirigentes de la región de Tsang, y la Kagyu, fundada por el traductor Marpa y su discípulo Milarepa.

Es en la escuela Kagyu donde se inicia la tradición de los Tulkus o "cuerpos de emanación".

El 1º Karmapa Dusum Khyenpa (1110-1193), discípulo principal de Gampopa, fue reconocido por sus contemporáneos, debido a sus logros espirituales, como la manifestación de la actividad de Buda (Karmapa) profetizada por Buda Sakyamuni en el Samadhirajasutra.

Antes de su muerte, Dusum Khyenpa predijo en una carta los detalles y las circunstancias de su encarnación siguiente, iniciando asi la tradición de los Tulkus tras el nacimiento de Karma Pakshi, el 2º Karmapa

Debido a la política budista de la No Violencia, y al aumento del poder de las instituciones monásticas, las familias nobles fueron perdiendo su poder, desapareciendo la posibilidad del resurgimiento de nuevas dinastías.

A principios del siglo XIII Gengis Khan conquista China y el Tíbet. Bajo el imperio mongol el Tibet fue dividido en regiones administrativas gobernadas, cada una de ellas, por una familia noble y por la jerarquía monástica.

En 1247 Khublai Khan nombró a un importante lama como Virrey temporal en el Tíbet. Posteriormente el poder paso por las manos de la escuela Sakya, la Kagyu, la dinastía Rinpung y por último la dinastía Tsangpa, que pierde el poder en 1642 en favor del Quinto Dalai Lama.